Естественная фауна Мальдив небогата из за ограниченности земельных площадей, зато фауна Индийского океана, у берегов Мальдивских островов, чрезвычайна богата и разнообразна. Здесь можно увидеть: рыбу-бабочку, рыбу-ангела, рыбу-попугая, скальную треску, рыбу-единорога, рыбу-трубу, голубого полосатого люциана, подальше от берегов: акул (в том числе китовую акулу - самую крупную рыбу в мире), скатов, черепах и дельфинов. В мальдивских водах имеется более 250 различных типов кораллов, на которых проживают сотни видов разноцветных тропических рыб: коралловые мелкие рыбки, скаты-манта, коралловые акулы (до 1,5м) и многие другие. Также в мальдивских водах насчитывается порядка 5000 видов моллюсков. На Мальдивских островах нет опасных животных и ядовитых рептилий. Здесь можно встретить безобидных гигантских фруктовых летучих мыши (летучие лисицы), разнообразные ящерицы и крысы. Фруктовых летающих лисиц, можно увидеть висящими на деревьях на закате.

Птиц на островах много, особенно на курортных островах, из-за большого количества фруктовых деревьев. Часть из них перелётные. Класс пернатых представляют на курортных островах: вороны, цапли (разных видов), много морских птиц, питающихся рыбой, в том числе: чайки, крачки и другие. Среди насекомых, в не курортных зон, можно встретить чёрных муравьёв, москитов, тараканов, сколопендр, скорпионов и ящериц. Сколопендры и скорпионы в основном проживают в джунглях на необитаемых островах.

Черепахи на Мальдивах находятся под особой защитой государства и Конвенции по защите животных. Черепах практически истребили местные жители, отлавливая их на пропитание и для добычи черепахового панциря, с целью изготовления сувениров для иностранцев. На Мальдивах встречаются семь видов черепах: головастая морская черепаха (или местное название боабоду велаа), кожистая черепаха (мусинби), зеленая морская черепаха (велаа), оливковая черепаха (ваавоши велаа) и бисса (местное название каханбу).